from zope.app.server import mkzopeinstance
mkzopeinstance.main()
В результате выполнения оного стало ясно, что вся проблема заключается в том, что не может быть обнаружен скелет zopeskel по пути, в котором его действительно нет.
Как хорошо, что для всего есть исходники - пару минут и в коде mkzopeinstance появляется нужный путь к скелету, после чего все успешно создается, но только из консоли питона. Скрипт из командной строки все также молчит. В чем причина, никто случайно не знает?